Erik van Bruggen studeerde orgel aan het Nederlands Instituut voor Kerkmuziek te Utrecht bij Elly Kooiman en aan het Amsterdams Conservatorium bij Klaas Bolt, Hans van Nieuwkoop en Peter van Dijk.
Hij is gespecialiseerd in improvisatiestijlen van de zestiende tot en met de achttiende eeuw en in het bespelen van het pedaalclavichord.
Als eerste nam hij een CD op met “orgel”werken van Johann Sebastian Bach, gespeeld op een pedaalclavichord naar Johann David Gerstenberg (1760) gemaakt door Dick Verwolf (clavichordmaker te Leiden).
Erik van Bruggen is cantor-organist van de Waalse Kerk te Leiden alwaar hij het historische Steevens/Assendelftorgel (1746/1750) bespeelt.
Tevens bevinden zich in deze kerk twee pedaalclavichorden (een reconstructie van een instrument uit de tweede helft van de zeventiende eeuw en een kopie naar Gerstenberg).
Daarnaast geeft hij orgelconcerten en cursussen in binnen- en buitenland.